激光与光电子学进展, 2021, 58 (6): 0610007, 网络出版: 2021-03-11   

基于批归一化与AlexNet网络的水稻病害识别 下载: 606次

Identification of Rice Diseases Based on Batch Normalization and AlexNet Network
作者单位
1 江西农业大学软件学院, 江西 南昌 330045
2 江西农业大学计算机信息与工程学院, 江西 南昌 330045
摘要
为实现多种类水稻病害的自动识别,采用卷积神经网络对水稻干尖线虫病、白叶枯病、细菌性条斑病等8种水稻叶部病害图像进行识别。将病害图像通过随机旋转以及亮度和对比度随机改变等方法进行样本扩充后,随机划分80%的图像作为卷积神经网络的训练样本,20%的图像作为测试数据。将训练样本直接输入AlexNet网络与LeNet5网络中进行训练,得到AlexNet_model和LeNet_model。在AlexNet网络上采用模糊C均值聚类(FCM)图像处理和在每层激活函数后添加批归一化层(BN)的两种方法对图像进行识别,得到模型FCM_model和BN_model。结合4种模型识别结果及性能评价指标的分析,可知 BN_model的识别效果最佳。BN_model模型的最终测试识别准确率达99.11%,比AlexNet_model、FCM_model和LeNet_model分别提高了0.23个百分点、0.59个百分点和4.43个百分点。该模型识别能力与泛化能力强,为基于卷积神经网络的水稻病害研究提供了参考。
Abstract
The convolutional neural network is used to identify eight diseases of rice leaf, including dry tip nematode, bacterial leaf blight, bacterial stripe disease and so on, to realize the automatic recognition of multiple rice diseases by computer vision. After the disease images were expanded through random rotation, random change of brightness and contrast, and so on, 80% of the images were randomly divided into training samples and 20% were divided into test data. The training samples were directly input into the AlexNet and LeNet5 networks for training, and the AlexNet and LeNet_models were obtained. FCM_model and BN_model are obtained using two methods of image recognition on AlexNet network: fuzzy C-means clustering image processing and batch normalization layer after activation function of each layer. From the identification results of the four models and the analysis of model performance evaluation indexes, it can be seen that the BN_model has the best recognition effect. The BN_model has a final recognition rate of 99.11%, which is increased by percentage points of 0.23, 0.59,4.43 than AlexNet_model, FCM_model, and LeNet_model, respectively. The model has strong recognition and generalization ability, which provides reference for the research of rice diseases based on convolutional neural network.

1 引言

水稻病害是影响水稻产量的最大因素之一,且水稻病害多种多样,靠以往的人工识别费时费力,因此实现对水稻病害的自动识别,是必要的,也是必然的[1]。目前常见的植物病害识别方法主要包括传统图像处理识别和卷积神经网络识别。

赵玉霞等[2]对玉米叶部病斑图像进行图像处理及特征提取后,使用贝叶斯分类器实现病害识别。谢泽奇等[3]对黄瓜病害进行Otsu图像分割并提取病斑特征,使用属性约简算法进行特征选择后,利用最近邻分类器进行病害识别。传统的植物病害识别大多依赖提取病斑图像的颜色特征、纹理特征及形状特征等[4-6],其过程繁琐且识别率不高,而卷积神经网络的图像识别则避免了这些复杂过程[7-9]。张善文等[10]提出一种改进的DCNNs模型,提高了病害的识别率, 大幅度缩短了模型的训练和识别时间。Sladojevic等[11]利用卷积神经网络实现了13种植物病害的识别, 该模型具备分辨植物叶片与其周围环境的能力, 最终模型的正确识别率为96.3%。杨晋丹等[12]将不同的网络深度和卷积核进行交叉组合,得到9种神经网络结构,实验表明对草莓叶部白粉病病害的识别准确率可达98.61%。

在水稻病害识别方面,吴露露等[13]采用色度学模型、边缘提取和形态学等方法对叶瘟病进行识别,最终识别率为90.26%。管泽鑫等[14]对3种水稻病害图像进行分割,然后通过逐步判别分析法筛选有效参数,最后使用贝叶斯判别法实现病害的分类识别,识别准确率最高为97.2%。刘成[15]采用传统图像处理和卷积神经网络分别对稻曲病进行识别,然后在此基础上基于神经网络对6种水稻病害进行识别,获得了较好的结果。虽然目前对水稻病害的研究已有较好的成果,但水稻病害种类繁多,而郭丹[16]、刘婷婷[17]、刘立波[18]、Sumam[19]等所研究的水稻病害种类较少,无法满足模型对多种病害识别的需求。为了改善该问题,本文选择了常见的8种水稻病害,为进一步研究卷积神经网络对这8种水稻病害的识别效果,采用LeNet-5和AlexNet经典网络进行实验,对比结果说明AlexNet网络的识别效果更佳。在AlexNet网络的基础上,添加批归一化层的模型(BN_model)优于采用模糊C均值聚类(FCM)图像处理后训练得到的网络模型(FCM_model)。BN_model减少了传统图像识别繁杂的过程,取得了较高的识别精度,为水稻病害的检测与诊断提供了有价值的参考。

2 材料与方法

2.1 数据样本

针对水稻干尖线虫病、白叶枯病、细菌性条斑病、胡麻斑病、叶黑粉病、赤枯病、稻瘟病、水稻纹枯病等8种水稻病害进行识别分类。为避免图像样本过少对卷积神经网络识别造成的影响,通过随机旋转、左右翻转,随机改变亮度、对比度、色度、饱和度等方法将图像样本扩充近15倍,各类病害的主要特征及扩充后各病害图像数量见表1。将扩充后的病害图像进行随机划分,其80%作为卷积神经网络的训练数据,20%作为网络模型的测试数据。

表 1. 病害特征及图像数量

Table 1. Disease characteristics and image quantity

Disease category of riceMain characteristicNumber of images
Aphelenchoides bessyiYellowish brown and brown, showing "dry tip" shape754
Bacterial leaf blightYellowish brown and finally dry white1200
Bacterial leaf streakYellow-brown streaks, yellow transparent beaded pyogenesis1140
Brown spotDark brown,with yellow halo around disease spot1200
Leaf smutLongitudinal scattered short stripe disease spots, gray black1200
Red blightSmall brown spots or short stripes, irregular rust like spots800
Rice blastFusiform with large middle ends pointed, grayish white in the middle, brown in the edges1230
Rice sheath blightOval, moire shape, gray center, dark brown edges930
Total8454

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本文实验采用的图像数据均为简单背景下的病害图像,各类病害病斑图像如图1所示。

图 1. 水稻病害病斑图像。(a)叶黑粉病;(b)白叶枯病;(c)细菌性条斑病;(d)胡麻斑病;(e)干尖线虫病;(f)赤枯病;(g)稻瘟病;(h)水稻纹枯病

Fig. 1. Images of rice disease spot. (a)Leaf smut; (b)bacterial leaf blight; (c)bacterial leaf streak; (d)brown spot;(e)aphelenchoides bessyi; (f)red blight; (g)rice blast; (h)rice sheath blight

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2.2 AlexNet网络

本文使用的卷积神经网络主要为AlexNet[20-21]。AlexNet网络由5层卷积层(Conv)、3层池化层(Pooling)、2层全连接层(Fc)、1层Softmax层组成。AlexNet网络输入层大小为227×227的三通道彩色图像,第1层卷积层的步长为4,padding为“valid”,后4层卷积层的步长均为1,padding为“same”。池化层不会改变特征图的深度,即池化层的输入与输出有相同的深度,它的步长均设为2。为使整个神经网络的模型不是线性的,每一层卷积层后都根据ReLU激活函数进行计算,最后的Softmax层输出为8,即识别类别为8种,其可看作8×1的概率矩阵。AlexNet整个网络结构参数见图2

图 2. AlexNet网络结构图

Fig. 2. Structure diagram of AlexNet network

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2.3 LeNet-5网络

LeNet-5[22]是一个经典的卷积神经网络,其在手写体数字图像识别的问题上获得了较好的结果。LeNet-5网络的输入层图像大小为32×32,该网络共为6层,2层卷积层、两层池化层及两层全连接层。针对本文8种水稻病害彩色图像的识别,LeNet-5的网络参数如表2所示。

表 2. LeNet-5网络结构参数

Table 2. Structure parameter of Lenet-5 network

Layer nameKernel sizeStridePaddingOutput shape
Layer1_Conv15×5×3×61VALID28×28×6
Layer2_Maxpooling12×22SAME14×14×6
Layer3_Conv25×5×6×161VALID10×10×16
Layer4_Maxpooling22×22SAME5×5×16
Layer5_Fc1120120
Layer6_Fc28484
Softmax8

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2.4 批归一化

在网络训练过程中,由于每一层的参数不断地向前传播,不断地更新,所以各层的输入数据分布都在不断地发生改变,即其分布会逐渐发生偏移,而Ioffe等[23]针对该现象提出批归一化(BN)算法,通过BN算法可以使输入数据保持正态分布,加速收敛,缩短深度神经网络的训练时间。BN算法的主要步骤如下。

Step1:记批次样本数据的数量为m,输入数据集合 x1,x2,x3,,xm,计算该批输入数据均值E,表达式为

E=1mi=1mxi(1)

Step2:计算该批输入数据方差V,表达式为

V=1mi=1mxi-E2(2)

Step3:使用求得的均值和归一化值对该批次数据作归一化处理,即

x̂i=xi-EV+ε,(3)

其中ε是为了避免除数为0使用的微小正数,一般接近于0。

Step4:添加网络训练,网络自我学习时获得的两个参数γ,β分别为尺度因子和平移因子矩阵,经计算后得到的输出数据记为 y1,y2,y3,,ym,其中

yi=γi+β(4)

从(4)式中可以看出,该操作就是对归一化值进行缩放和平移,最终将归一化值调整为标准正态分布。

2.5 模糊C均值聚类(FCM)图像分割

模糊C均值聚类(FCM)算法[24-25]是一种经典的图像分割方法,它根据定义的类别数将图像进行聚类,且引入了隶属度概念来优化目标函数,使得类内的差别尽可能小,进而完成病斑图像的分割。为统一实验过程,FCM算法将每张病斑图像划分为3簇,再与原图像进行减法运算完成分割(见图3)。对比图3图1可知,经FCM算法分割后的图像不同程度地减少了正常叶片对病斑的干扰,较好地凸显了病斑特征及其边缘部分。

图 3. FCM算法分割的病害图像。(a)叶黑粉病;(b)白叶枯病;(c)细菌性条斑病;(d)胡麻斑病;(e)干尖线虫病;(f)赤枯病;(g)稻瘟病;(h)水稻纹枯病

Fig. 3. Disease images segmented by FCM algorithm. (a)Leaf smut; (b)bacterial leaf blight; (c)bacterial leaf streak;(d)brown spot; (e)aphelenchoides bessyi; (f)red blight; (g)rice blast; (h)rice sheath blight

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2.6 整体流程

将病害图像分别基于AlexNet与LeNet-5网络进行病害识别,结果可知AlexNet_model模型的识别结果优于LeNet_mode模型。为了提高AlexNet网络对简单背景下8种水稻病害的识别准确率,利用FCM图像分割及AlexNet网络添加批归一化等方法对图像进行识别,并对其实验结果进行分析及对比。本研究实验流程如图4所示。

图 4. 实验流程图

Fig. 4. Flow chart of the experiment

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3 结果与分析

3.1 AlexNet对水稻病害图像的识别结果

本研究使用AlexNet进行水稻病害分类识别,将网络迭代次数(epochs)初始值选为200,网络优化器使用随机梯度下降(SGD)法,其初始学习率(learning_rate)设为0.01,学习衰减率设为0.01/200。为减小学习率对参数更新速度的影响,使学习率随训练次数增加逐渐衰减。实验结果发现,由初始参数训练得到的模型存在不稳定的现象,可能存在过拟合。对网络进行调参后,将随机下降梯度优化器的学习率调整为0.1,迭代次数缩减为150,学习衰减率相应改变,训练后得到模型AlexNet_model,其训练、测试的损失值精度与准确率随迭代次数的改变如图5图6所示。

图 5. AlexNet_model训练与测试损失精度

Fig. 5. Loss precision value of training and test for AlexNet_model

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图 6. AlexNet_model训练与测试准确率

Fig. 6. Accuracy of training and test for AlexNet_model

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图5中可知,在AlexNet_model模型训练过程中,迭代次数为70次左右时损失精度出现波动,曲线峰值表示损失值上升,即识别误差增大;从图6中可知,训练迭代至70次左右时训练识别率有所下降。进行模型测试过程中,训练精度与识别率均较平稳,说明该模型泛化能力较强,对8种水稻病害图像有较好的识别效果。

3.2 LeNet-5对水稻病害图像的识别结果

在实验中,LeNet-5网络同样设置初始迭代次数为200,优化器为SGD,初始学习率和学习衰减率分别为0.01和0.01/200,该网络训练得到的模型为LeNet_model。从图7中可看出LeNet_model的测试损失精度与训练损失精度均稳定,与前3个模型相比,测试损失精度与训练损失精度的曲线距离较大;由图8中可知,LeNet_model的训练识别准确率与测试识别准确率相差较大。

图 7. LeNet_model训练与测试损失精度

Fig. 7. Loss precision value of training and test for LeNet _model

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图 8. LeNet_model训练与测试准确率

Fig. 8. Accuracy of training and test for LeNet_model

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3.3 FCM图像分割对网络识别的影响

将经FCM算法分割后的图像输入AlexNet初始参数网络中进行分类训练,得到模型FCM_model,其训练结果与测试结果如图9图10所示。

图 9. FCM_model训练与测试损失精度

Fig. 9. Loss precision value of training and test forFCM_model

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图 10. FCM_model训练与测试准确率

Fig. 10. Accuracy of training and test for FCM_model

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图9中可知,该模型测试过程中,迭代次数为20左右时,损失精度出现峰值,说明FCM_model在此时出现较大的识别误差;从图10中可知,测试识别准确率迭代至此时出现相应的下降,迭代至25次以后,测试识别准确率曲线平滑且稳定,这说明该模型测试时,迭代至25次以后,模型才趋于稳定。

3.4 BN层对网络识别的影响

本文实验将BN层放于激活函数后,即每一层卷积层的输出数据经过ReLU激活函数激活,再经BN层计算,最后将输出数据作为下一层的输入数据。添加BN层后的网络流程如图11所示。

经过训练后,得到模型BN_model,从图12图13中可看出,该模型在训练时比AlexNet_model模型更为稳定,比FCM_model模型收敛更快。

图 11. 卷积神经网络流程

Fig. 11. Flow chart of the convolutional neural network

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图 12. BN_model训练与测试损失精度

Fig. 12. Loss precision value of training and test for BN_model

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图 13. BN_model训练与测试准确率

Fig. 13. Accuracy of training and test for BN_model

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3.5 AlexNet_model、FCM_model、BN_model与LeNet_model的识别结果对比及模型分析

表3中对比可知,FCM算法对图像进行分割后在本文的水稻病害识别中并无优势,其测试识别准确率相比AlexNet_model下降了0.36个百分点。BN_model的测试损失精度最低,测试识别准确率比AlexNet_model和FCM_model分别提高了0.23个百分点和0.59个百分点。LeNet_model模型的识别结果最低,与AlexNet_model、FCM_model和BN_model相比,分别低了4.2个百分点、3.84个百分点和4.43个百分点。以上结果表明,AlexNet网络添加BN层后对本文简单背景下8种水稻病害图像的病害识别率最高,其最终测试准确率达到99.11%。

表 3. 模型最终结果对比表

Table 3. Comparison table of the final results of the models

ModelTraining loss /10-3Test lossTest accuracy /%
AlexNet_model2.10000.057698.88
LeNet_model0.02190.165694.68
FCM_model0.30000.057798.52
BN_model0.75000.037699.11

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识别准确率往往不能作为模型选择的唯一标准,还需对模型的一些评价性能指标进行分析。其中精准率表示分类正确的正样本个数占分类器判定为正样本的样本个数的比例,在表中可看到每种模型下每类病害的精准率。由表4可知,就精准率而言,LeNet_model对叶黑粉病的识别效果较好,其识别判定为叶黑粉病的图像数量中,99%以上都正确,且其他病害误判为叶黑粉病的数量也很少。对比可知,LeNet_model模型对病害的识别效果最差,水稻干尖线虫病、白叶枯病、细菌性条斑病、胡麻斑病、叶黑粉病、赤枯病、稻瘟病和水稻纹枯病识别的精准率较BN_mode模型分别低了0.02、0.07、0.06、0.04、0.01、0.04、0.05和0.06。

在BN_mode模型中,叶黑粉病、稻瘟病和水稻纹枯病的精准率均为1,可知该模型对这3种水稻病害的识别效果较好,在判定为这3种病害的水稻图像中没有出现错误,但单从精准率来看,该模型无法判定识别过程中是否将叶黑粉病、稻瘟病和水稻纹枯病这3种病害误判为其他病害。ROC曲线则可以较全面地观察模型对这8种病害的识别效果,它是反映敏感性和特异性连续变量的综合指标。不同模型的ROC曲线如图14所示,图中:纵坐标表示为真正类率(TPR),即预测为正的图像样本中,实际也为正的样本数量占所有正样本的比例;横坐标表示伪正类率(FPR),即预测为正但实际为负的样本占所有负样本的比例。从该含义上看,TPR应接近1,FPR应接近0,也就是说ROC曲线越靠拢(0,1)点,越偏离45°对角线,模型识别效果越好。

表 4. 各模型下每类病害识别的精准率

Table 4. Precision rate of disease recognition under each model

Precision rateAlexNet_modelLeNet_modelFCM_modelBN_mode
Aphelenchoidesbessyi0.990.970.980.99
Bacterial leaf blight0.990.920.990.99
Bacterial leaf streak0.970.920.970.98
Brown spot0.990.950.990.99
Leaf smut1.000.991.001.00
Red blight0.990.951.000.99
Rice blast0.990.950.991.00
Rice sheath blight1.000.940.981.00

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图14中class0~class7分别为水稻干尖线虫病、白叶枯病、细菌性条斑病、胡麻斑病、叶黑粉病、赤枯病、稻瘟病、水稻纹枯病。AUC值表示ROC曲线下的面积,取值范围为 0.5,1,AlexNet_model中class0的AUC为1.0表示叶黑粉病识别的AUC值为1,即在AlexNet_model中,Softmax分类器对叶黑粉病的识别准确率为百分之百,且没有将该病害误判为其他病害。由于数据集中8种水稻图像数量存在差异,为减小样本量小的类别所带来的影响,模型整体主要考虑macro-average(宏平均)下的ROC曲线。

图 14. 不同模型的ROC曲线。(a)AlexNet_model;(b)LeNet_model;(c)FCM_model;(d)BN_model

Fig. 14. ROC of different models. (a)AlexNet_model; (b)LeNet_model; (c)FCM_model; (d)BN_model

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从每类病害的AUC值来看,BN_model对其中7种病害识别得到的AUC值均为1,只有白叶枯病的AUC值为0.98,这说明BN_model模型对白叶枯病的识别效果较差。从模型整体ROC曲线来看,BN_model的识别结果最佳,AlexNet_model和FCM_model这两个模型对这8种病害的识别情况相差不大。LeNet_model模型的总平均AUC值才为0.97,且从各病害ROC曲线及精准率(表3)可以看出,该模型中,分类结果最好的是叶黑粉病,其AUC值为0.99,ROC曲线接近(0,1),精准率也为0.99,这表明该模型对叶黑粉病的误判率较低,且将其他病害被误判为叶黑粉病的图像数量也较少。综合模型识别时的损失精度曲线、识别准确率曲线及各病害识别精确率、ROC曲线可知,由AlexNet网络结合BN层得到的BN_model对这8种水稻病害图像的识别效果最佳。

4 讨论

本研究使用卷积神经网络模型,结合批归一化与AexNet网络(BN_model模型)对水稻病害进行识别分析,相比其他研究中神经网络模型和传统图像处理模型,BN_model 能区分更多的水稻病害病理特征,且训练成本较低。与AlexNet_model相比,细菌性条斑病和赤枯病的平均识别精准率分别提高了0.02和0.01,细菌性条斑病和稻瘟病的AUC值均提高0.01。相较于FCM_model,BN_model对水稻干尖线虫病、细菌性条斑病、稻瘟病和水稻纹枯病的平均识别精准率分别提高了0.01,0.01,0.01和0.02,白叶枯病、胡麻斑病、赤枯病和稻瘟病的AUC值均提高了0.1。相比LeNet_model,BN_model对识别精确率最低的白叶枯病和细菌性条斑病分别提高了0.07和0.06,对AUC值最低的水稻干尖线虫病和白叶枯病分别提高了0.05和0.02。

其中叶黑粉病在4个模型中的识别精确率和AUC值都分别为1.00、1.00、1.00、0.99,可知卷积神经网络提取的8种病害病理特征中,叶黑粉病在Softmax分类器中最易区分。白叶枯病在4个模型中的识别精确率和AUC值分别为0.99、0.99、0.99、0.92和0.98、0.97、0.98、0.96,可知该病害在各模型中的精确率虽然高,但其AUC值与其他病害相比偏低,这说明卷积神经网络对该病害的病理特征提取存在较大差异,会导致分类器对该病害的识别错误率增加。

经过AlexNet_model与FCM_model的对比可知,AlexNet网络提取的特征与FCM算法分割后提取的特征对分类器的识别影响相差不大,这说明叶片正常部分对卷积提取病斑病理特征没有影响。通过LeNet模型与AlexNet_model、FCM_model、BN_model模型的对比,可知简单的卷积神经网络提取的特征还不够明确,深层次的网络对特征的提取更为细致,有利于分类器的识别。批归一化层会将提取的图像特征进行规范化[26],从BN_model与AlexNet_model的对比结果可知,BN层进行均值、方差与归一化计算对网络识别是有效的。因此,本研究在AlexNet网络添加批归一化的BN_model模型,是一种对水稻这8种病害行之有效的鉴别方法。

本文主要的研究对象为简单背景下的8种水稻病害图像。而马浚诚等[27]的研究对象是含有较多光照不均匀和复杂背景等噪声的黄瓜病害图像,其识别率达到95.7%, Lu等[28]采用深度卷积神经网络对10种水稻病害进行识别,在10倍交叉验证下准确率达95.48%。由以上可知,水稻病害的下一步研究方向包括:1)水稻病害种类繁多,尽可能多地增加研究类别;2)自然环境下拍摄的病害图像多数是复杂背景,提高复杂背景下水稻病害的识别率,为其实践提供参考依据;3)研究不同图像处理或者特征提取方法与神经网络结合的模型,提升对水稻病理特征的识别准确率。

5 结论

AlexNet网络对简单背景下的水稻干尖线虫病、白叶枯病、细菌性条斑病、胡麻斑病、叶黑粉病、赤枯病、稻瘟病、水稻纹枯病等8种水稻病害图像的识别准确率比LeNet-5网络的识别准确率高4个百分点以上,尤其是AlexNet网络结合批归一化层进行分类识别的模型效果最佳,其测试准确率高达99.11%,故该模型有效提高了水稻病害识别准确率,且鲁棒性较强,在解决水稻病害图像识别问题时具有明显的优势。

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