近20年来, 偶发的感染人类的猴痘疾病严重影响了公共卫生和经济。啮齿类动物是猴痘病毒(MPXV)在自然界的主要宿主。MPXV可以通过直接接触传播至人并引起自限性感染, 出现皮疹和淋巴结症状。本世纪初, 美国报道了第一例在非洲以外地区人感染MPXV的病例, 此后, 猴痘逐步在全世界流行, 并成为严重的公共威胁。随着病毒检测和测序技术的发展, 许多新的痘病毒被发现, 从而丰富了痘病毒科的多样性。本综述对MPXV以及痘病毒科中的其他病毒的最新分类、宿主范围、基因组结构特点、致病性以及遗传进化关系进行了全面概述。这些信息将促进我们对痘病毒的遗传进化关系和传播的了解, 并且对未来病毒的研究和疾病的控制提供帮助。

冠状病毒(CoV)属于套式病毒目冠状病毒科, 为有包膜的单股正链RNA病毒, 基因组约27～32 kb。近年来, 冠状病毒对人类的生命健康造成了巨大的威胁, 如2002年出现的严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)以及2012年出现的中东呼吸系统综合征冠状病毒(MERS-CoV), 特别是2019年出现并流行至今的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2), 其在全世界范围内暴发, 严重危害了人类健康和社会秩序, 引发了人们的高度关注。迄今为止, SARS-CoV-2已经演化出了多个变体, 且仍处于不断变异中。目前流行株型以Omicron为主, 同时伴有其他多个变异型。当前我国新冠疫情防控已进入“乙类乙管”常态化防控阶段, SARS-CoV-2依然是未来一段时间内重要的公共卫生问题之一。本综述总结了SARS-CoV-2 Omicron主要株型的关键突变以及其与病毒传染致病、免疫逃逸等特性的关系, 为了解SARS-CoV-2演化传播、流行现状等提供了参考。

近年来, 病毒感染疫情频发, 凸显了高效便利的病毒检测技术以及抗病毒药物研制的迫切性。基于成簇的规则间隔短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关蛋白(Cas)的工程系统在靶向和切割核酸方面具有较高的特异性和效率, 是目前使用最为广泛的基因编辑工具。该系统目前也广泛应用于病毒学研究和相关医疗实践。本文重点介绍了Cas9、Cas12和Cas13这三种最常用的CRISPR/Cas系统在病毒检测和抗病毒治疗中的应用。在病毒检测方面, Cas9通过与荧光传感器、电化学传感器和侧流层析试纸等生物传感器相结合, 提高了生物传感器检测的灵敏度和准确性。Cas12和Cas13则基于其反式切割活性, 目前已经开发了多种技术来检测DNA和RNA病毒, 如SHERLOCK和DETECTER。在抗病毒治疗方面, Cas9已被用于靶向切割病毒DNA, 从而抑制病毒的复制, 其靶标包括DNA病毒的基因组和逆转录病毒的中间产物DNA; 而Cas13则被用于靶向病毒RNA, 其靶标包括RNA病毒的基因组和病毒mRNA。尽管CRISPR/Cas系统在灵敏度、效率和便利度等方面具有多种优势, 但在一些方面仍不可避免地存在局限性, 如脱靶效应、免疫原性和致癌性。本文全面总结了CRISPR/Cas系统应用于病毒检测和抗病毒治疗的现有进展, 为了解该领域相关技术提供了系统的参考。

鱼类细菌性病害对发展鱼类养殖业构成了严重的威胁, 而抗生素的滥用和病原菌耐药性的出现对鱼类养殖产量、水产品质量和养殖环境造成了严重的影响。为了推动鱼类健康养殖产业的发展, 亟待创新研究鱼类病害的绿色防控技术。噬菌体作为一种天然、无残留的细菌杀手, 具有特异性强、裂解效率高等特点, 利用噬菌体治疗鱼类细菌性病害将是一种重要的技术途径。本文综述了噬菌体的重要资源挖掘、鱼类细菌性病害防控中的作用机制及其应用前景, 并提出了在鱼类健康养殖领域加快研究噬菌体治疗技术的措施, 对鱼类的健康养殖具有重要意义。

为了研究烟草脉斑驳病毒(TVMV)侵染本氏烟的抗病分子机制, 本文建立了TVMV转录组数据库, 挖掘抗病相关基因以及代谢和信号通路, 采用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台对侵染TVMV的本氏烟进行转录组测序, 并进行生物信息学分析; 利用R package: edge R等软件分析了有关抗病的差异表达基因, 对差异表达基因进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)基于途径的通路富集分析。基于TVMV侵染本氏烟转录组的测序结果中共获得4 593个差异表达基因, 其中3 564个基因上调表达, 1 029个基因下调表达。共筛选出10个抗病相关的差异表达显著基因, 6个上调, 4个下调。GO数据库中注释到生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类共50个功能组。其中, 在第三大类分子功能中, 蛋白质结合功能以及ATP结合功能所涉及的差异表达基因最显著, 分别为501个和453个差异基因。KEGG共富集20条通路, 注释到核糖体途径的差异基因富集程度最高, 基因最显著, 差异表达基因数为307个。蛋白质结合、ATP结合、核糖体、真核生物核糖体的生物反应、DNA复制(DNA replication)等通路可能在调控本氏烟抗TVMV病毒中起着重要作用。通过对转录组中筛选的差异表达基因进行分析研究, 为后续本氏烟抗TVMV病毒的深入研究奠定了重要的基础。

为了探究哺乳动物病毒共受体间的共性特征, 本研究基于ViralReceptor数据库中收集的哺乳动物病毒-受体相互作用关系, 共收集277对病毒共受体组合, 从结构、功能、进化和组织表达等方面对这些病毒共受体进行系统分析, 并与来源于不同哺乳动物的病毒受体组合以及随机挑选的人类蛋白组合进行比较。结果显示, 哺乳动物病毒共受体相较于其他蛋白组合, 彼此间有更高的功能相似性, 在宿主蛋白相互作用网络中相互作用的比例更高, 在人体常见组织中的共表达水平更高。研究表明, 哺乳动物病毒共受体具有功能、表达和互作等共性特征。期望此结果能为病毒受体的发现和鉴定等研究提供参考。

对云南省大理市小型哺乳动物携带的戊型肝炎病毒(HEV)进行调查, 用巢式RT-PCR对捕获的小型哺乳动物样品中的病毒进行检测, 用高通量测序对阳性HEV样本进行毒株全基因组测序, 用MEGA-X、BESTv1.10.4 和Geneious软件进行生物信息学分析。本研究筛查了6属7种共114只小型哺乳动物样本, 结果显示: HEV在褐家鼠中的阳性率为8.00%(2/25); 高通量测序获得1株编号为DL147的HEV全基因组, 经系统发生分析确定其为HEV-C1基因型, 与香港1例戊型肝炎患者血清中发现的HEV同源性最高, 核苷酸序列一致性达95.21%, 两株病毒的最早分歧时间约为2003年。研究证实, 云南省大理市褐家鼠存在HEV-C1感染, 其与近期报道的人源新发HEV高度同源, 有较近的系统发生关系, 对戊型肝炎防控有指导作用。

为建立一种能够快速检测非洲猪瘟病毒(ASFV)的普通PCR方法, 本研究分别以ASFV B646L和F778R基因为靶序列设计了两对特异性引物, 建立ASFV B646L和F778R双基因普通PCR方法, 并对其特异性、灵敏性及重复性进行检测。结果显示: 该PCR体系(25.0 μL体系)的最优组合为Pfu酶0.2 μL、10×Reaction Buffer 2.5 μL、2.5?mmol/L dNTP Mixture 2.5 μL、B646L上下游引物各1.5 μL、F778R上下游引物各0.5 μL、DNA模板1.0 μL; 退火温度为57℃、退火时间为30 s、72℃延伸2.5 min, 30个循环。该方法仅针对ASFV B646L和F778R基因进行特异性扩增, 无交叉反应。同时对B646L和F778R阳性质粒的最低检测下限分别为7.2×107 copies/μL、1.5×106 copies/μL, 试验重复性良好。本研究对于提高ASFV临床诊断的准确性、特异性和高效性具有重要价值, 为其快速检测提供了可靠的技术支撑。

流感病毒是呼吸道传染病毒, 增强疫苗接种诱导的黏膜免疫反应对于预防流感尤为重要。目前, 流感病毒疫苗主要为病毒灭活疫苗, 且通过肌肉注射接种, 很难诱导产生黏膜免疫。为增强流感病毒灭活疫苗的黏膜免疫效果, 本文利用薄膜分散法将与肺表面活性物质(PS)相似的磷脂以及胆固醇制备成包裹瑞喹莫德(R848)的PS脂质体(PS-R848)做黏膜佐剂, 将该脂质体与H7N9流感病毒灭活疫苗混合后经鼻腔免疫BALB/c雌性小鼠, 检测免疫指标及攻毒后的保护效果。与灭活疫苗添加R848组相比, 血清中的免疫球蛋白G(IgG)以及分型抗体IgG1与IgG2a效价、血凝抑制(HI)效价和支气管肺泡灌洗液分泌型IgA(sIgA)效价显著提高; 诱导的细胞因子干扰素-γ(IFN-γ)、白细胞介素-2(IL-2)与IL-4的分泌量也显著增加。用同亚型流感病毒攻毒小鼠后的肺部病毒滴度较单独疫苗组降低, 存活率达到100%, 最大体重丢失率较单独疫苗组低且有显著差异 。以上结果表明, R848仿生PS-R848作为黏膜佐剂可以有效提高H7N9流感病毒灭活疫苗的免疫效果, 为开发流感病毒的黏膜疫苗做了数据积累。

为分析珠海市腹泻人群中A组轮状病毒(RVA)检出情况与患者性别、年龄及感染时间的相关性, 收集珠海市妇幼保健院2019年1月至 2022年12月腹泻患者粪便样本, 采用抗原试剂盒检测RVA抗原, 对其结果应用SPSS 20.0软件进行统计学分析。在收集的11 385例样本中, RVA总检出率为9.170%(1 044/11 385), 性别分布无统计学差异(P>0.05)。各年龄段均检出RVA, 29 d～<1岁婴儿的RVA阳性率最高, 为9.962%(369/3 704), 显著高于6～<12岁学龄期儿童、≥18岁成年人(P<0.01), 6岁以下儿童各年龄间RVA阳性率无统计学差异(P>0.05)。RVA感染全年均有发生, 从月份看, 2月阳性率最高, 为15.456%(117/757), 显著高于除1月、3月、5月的其他月份(P<0.01); 从季节看, 春季阳性率最高, 为11.666%(341/2 923), 显著高于夏季和秋季(P<0.01)。研究表明, 2019―2022年珠海地区RVA感染呈明显的季节性和人群分布特征, 应在晚冬、初春季节加强对6岁以下儿童的重点防控。本研究有助于更好地了解RVA在珠海地区的传播特点和规律, 为本地区的RVA防控提供科学依据。