中国激光
2023, 50(15): 1507105
湖南科技大学计算机科学与工程学院,湖南 湘潭 411201
手术与化疗作为肝癌的主要治疗手段需要精确提取肝脏病变区域。针对目前肝肿瘤分割方法存在的小型肿瘤丢失、肿瘤边界分割模糊、分割严重错误等问题,提出一种融合注意力机制与残差可形变卷积的肝肿瘤分割方法。以U-Net为主干网络,在编码卷积层末尾增加一条带有反卷积与激活函数的残差路径,该路径与上层跳跃连接相连,解决池化与反卷积操作中的信息损失造成的小目标分割缺失与边界模糊问题;利用可形变卷积增强模型对肿瘤边界的特征提取能力;在跳跃连接层中添加一定数量的卷积层,弥补简单跳跃连接在特征融合时造成的语义空白;通过双注意力机制,模型更加关注肿瘤特征;采用混合损失函数,该函数在保证训练稳定的情况下解决类不平衡造成的分割性能下降的问题。在肝脏肿瘤公开数据集(LITS)上进行实验,所提方法的肿瘤分割Dice系数达85.2%,分割性能优于其他对比网络,能够达到辅助医疗诊断的要求。
肝癌 肿瘤分割 U-Net 残差结构 注意力 liver cancer tumor segmentation U-Net residual structure attention 激光与光电子学进展
2023, 60(12): 1210001
激光与光电子学进展
2023, 60(10): 1010018
1 西安交通大学第一附属医院Med-X研究院再生与重建医学研究所,陕西 西安 710049
2 西安交通大学第一附属医院陕西省再生医学与外科工程研究中心,陕西 西安 710061
3 西安交通大学第一附属医院肝胆外科,陕西 西安 710061
4 西安交通大学第一附属医院激光光动力诊疗中心,陕西 西安 710061
光动力疗法是一种利用激光、光敏剂发生光化学反应从而特异性杀灭肿瘤细胞的药械联合疗法。治疗的柔性光纤可随人体自然腔道的弯曲而弯曲,通过内窥镜活检通道,光纤能够到达腔内近距离照射肿瘤部位。内窥镜辅助光动力疗法因具有显著的局部疗效和微创治疗优势而被广泛应用于腔道恶性肿瘤的治疗中。本文介绍了光动力治疗肿瘤疾病的内窥镜技术的发展,提出了在实现术前诊断、术中可视、视场统一及诊疗一体等目标中存在的技术问题,并汇总了解决方案。本文概述了光动力诊疗内窥技术在腔道肿瘤诊疗中的临床应用现状,以期为光动力治疗的精准化发展提供参考。
医用光学 光动力疗法 光动力诊断 腔道肿瘤 内窥镜 medical optics photodynamic therapy photodynamic diagnosis luminal tumors endoscope
范可尼贫血互补群E(FANCE)属于FA家族的重要成员之一,参与DNA链间交联损伤修复并在某些肿瘤中起重要作用。本研究运用生物信息学方法对FANCE的同源性、理化性质、亲/疏水性、信号肽、亚细胞定位、跨膜结构、蛋白结构、蛋白质互相作用、B/T细胞优势抗原表位以及肿瘤相关性进行预测。FANCE为无信号肽和跨膜区的疏水性蛋白,主要分布在细胞核和细胞质,具有较高的保守性。其二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,含有2个N-糖基化、9个O-糖基化以及48个磷酸化位点,与FANCM、FANCD2、FANCC等蛋白发生相互作用。FANCE具有多个潜在的B/T细胞优势抗原表位和17个抗原决定簇,在急性髓性白血病(LAML)和皮肤黑色瘤(SKCM)中低表达,其低表达显著影响患者总生存率。这为深入研究FANCE在肿瘤中的分子机制提供理论依据,使FANCE可能成为新的治疗靶点。
生物信息学 结构 抗原表位 肿瘤 FANCE FANCE bioinformatics structure antigenic epitope tumor
1 湖北文理学院附属医院 襄阳市中心医院肿瘤科 襄阳 441021
2 湖北文理学院肿瘤研究所 襄阳 441021
3 天津医科大学 生物医学工程与技术学院 天津 300050
4 山东省肿瘤医院 济南 250117
为了探讨iCBCT图像用于盆腔肿瘤剂量计算的准确性,本研究选取某院使用Halcyon加速器行放疗的病例30例,利用Eclipse 15.6计划系统重新设计容积旋转调强(VMAT)放疗计划,随后将首次治疗采集的摆位CBCT图像(iCBCT)与计划CT图像(pCT)进行配准,并将每例病例的VMAT计划(pCT计划)移植到iCBCT图像上,基于iCBCT图像标定的CT值-相对电子密度曲线重新进行剂量计算,生成新的治疗计划(iCBCT计划)。采用SPSS 26.0软件对两种计划的剂量学参数进行t检验分析。结果显示,iCBCT计划和pCT的计划相比,计划靶区(Planning target volume,PTV)剂量学参数中D2、D98、Dmean、适形指数(Conformity index,CI)和均匀性指数(Homogeneity index,HI)结果均较接近,差异平均值依次为0.71%、0.53%、0.97%、0.25%和0.95%,差异无统计学意义(p>0.05)。所统计的危及器官中,左右股骨头、直肠和膀胱的Dmean、D5、V20、V30和V40的差异平均值均较小,均无统计学意义(p>0.05),差异平均值最大的参数为膀胱的Dmean,差异值为1.71%。与pCT计划相比,iCBCT计划的Gamma通过率为1%/1 mm标准(88.1±1.1)%,2%/2 mm标准(97.8±1.2)%。两种计划的等中心点剂量与实测值相比差异平均值分别为0.98%和0.81%,差异均无统计学意义(p>0.05)。结果提示,在大多数盆腔病例中,iCBCT图像用于放疗计划剂量计算的结果准确、可靠,准确性满足临床应用的要求。
迭代锥形束CT 剂量计算 盆腔肿瘤 容积旋转调强 Iterative cone-beam CT (iCBCT) Dose calculation Pelvic tumor Volumetric modulated arc therapy(VMAT) 辐射研究与辐射工艺学报
2023, 41(1): 010303
1 重庆大学光电技术及系统教育部重点实验室,光电工程学院,重庆 400044
2 成都理工大学计算机与网络安全学院,四川 成都 610000
3 陆军军医大学大坪医院病理科,重庆 400037
4 山东大学机械工程学院,山东 济南 250000
基于显微成像技术的肿瘤分级对于乳腺癌诊断和预后有着重要的意义, 且诊断结果需具备高精度和可解释性。目前,集成Attention的CNN模块深度网络归纳偏差能力较强,但可解释性较差;而基于ViT块的深度网络其可解释性较好,但归纳偏差能力较弱。本文通过融合ViT块和集成Attention的CNN块,提出了一种端到端的自适应模型融合的深度网络。由于现有模型融合方法存在负融合现象,无法保证ViT块和集成Attention的CNN块同时具有良好的特征表示能力;另外,两种特征表示之间相似度高且冗余信息多,导致模型融合能力较差。为此,本文提出一种包含多目标优化、自适应特征表示度量和自适应特征融合的自适应模型融合方法,有效地提高了模型的融合能力。实验表明本文模型的准确率达到95.14%, 相比ViT-B/16提升了9.73%,比FABNet提升了7.6%;模型的可视化图更加关注细胞核异型的区域(例如巨型核、多形核、多核和深色核),与病理专家所关注的区域更加吻合。整体而言,本文所提出的模型在精度和可解释性上均优于当前最先进的(state of the art)模型。
显微镜成像 可解释性 深度学习 自适应融合 乳腺癌 肿瘤分级 microscopic imaging interpretability deep learning adaptive fusion breast cancer tumor grading
采用基因工程技术构建绿色荧光蛋白(GFP)报告基因质粒,有利于活细胞成像、蛋白质印迹(WB)、细胞流式分析及活细胞示踪等,从而对抗肿瘤药物进行筛选。利用聚合酶链反应(PCR)扩增NF-κB基因的启动子序列以及GFP基因片段,将其克隆到pGL6-Enhancer载体中,通过菌落PCR检测、酶切鉴定和测序证明了质粒构建成功。然后,将构建的质粒转染到HEK-293T细胞中,根据活细胞荧光成像、WB及流式细胞分析验证,构建的报告基因质粒在细胞内可正常表达。选择抗肿瘤药物雷帕霉素、紫杉醇、吉西他滨,以及本实验室正在研究开发的多肽类抗肿瘤药物M1-20、M1-21验证报告基因体系试验,发现构建的报告基因质粒可以响应药物对细胞的影响。该药物筛选平台的建立为研究抗肿瘤药物对供试细胞的影响提供了良好的试验技术体系,同时,也为构建活细胞示踪体系提供了材料。
报告基因 启动子 分子克隆 抗肿瘤药物 药物筛选平台 reporter genes promoter molecular cloning antitumor drug drug screening platform