为了实现微小磁性零件装配设备的精密装配任务，弥补加工误差和安装误差带来的系统精度损失，提出了一套自动标定及误差补偿方法。依照设备布置形式建立了不同模块的坐标系，提取影响装配精度的全部误差参数。根据导轨的位置关系建立了模块之间的运动转换模型，进而推导出基于装配任务的误差补偿模型。以设备中的机器视觉系统作为测量工具，同时设计专用标定板。通过观察各模块运动前后特征点的坐标变化对误差参数进行测量和辨识，并使用粒子群算法对参数进行了全局优化。基于开发的自动标定软件，在装配区域进行了标定和验证实验。实验结果表明，补偿后的系统开环控制精度在6 μm以内，满足设备的装配精度需求。该方法为微小零件装配设备提供了自动化、高精度和高效率的标定方案。