在计算鬼成像(Computational ghost imaging，CGI)系统中，可以通过估计重构图像的模糊程度获取目标的轴向深度。但该方法易受到背景噪声干扰，且要求像质评价函数有较长的工作距离，导致所需的采样次数较高，限制其实用性。针对这一问题，提出了一种基于自适应对焦窗口的目标深度估计方法。首先根据评价函数的整体特征划分搜索区间，然后在给定区域内对目标实际轴向深度进行迭代搜索。在迭代过程中，通过设计自适应窗口，有效减少背景区域的同时，也保证了窗口内目标的完整性。实验结果表明：该方法大幅降低了评价函数所需的必要工作距离，使其在欠采样条件下同样适用，也减小了背景噪声对评价函数的影响，增强了算法的鲁棒性，进一步完善了基于计算鬼成像系统的深度估计方法。