光合作用色素组成是浮游植物分类的重要依据。通过对蓝藻、绿藻、硅藻、甲藻和隐藻等5个门类浮游植物三维荧光光谱的差异性分析，提取了与叶绿素a、叶绿素b、叶绿素c、类胡萝卜素、藻蓝蛋白和藻红蛋白等光合色素相关的36个特征荧光光谱点，提出了基于色素特征荧光光谱的不同门类浮游植物分类测量方法。对铜绿微囊藻、小球藻、桅杆藻、光甲藻和卵形隐藻的实验结果表明：色素特征荧光光谱法对5种藻类纯种样品的测量误差分别为5.15%、5.63%、7.90%、4.85%、6.55%，对优势藻类（质量分数高于50%）的测量误差分别为7.96%、8.69%、5.44%、10.78%、15.57%，对劣势藻类（质量分数低于30%）的测量误差分别为18.29%、17.52%、20.01%、29.11%、20.14%，测量结果准确度达到了三维荧光光谱法水平，但数据量和计算时间仅是三维荧光光谱法的1.1%和2.2%，是一种快速有效的浮游植物分类测量方法。