针对荧光微球图像分割存在粘连及有限标记样本分类困难等问题，提出了一种基于改进分水岭及半监督最小误差重构分类器(SSMREC)的荧光微球图像分割及分类方法。采用改进分水岭方法对荧光微球图像进行分割，有效分离粘连，得到独立的荧光微球对象；对微球对象的色调(H)、饱和度(S)、明度(V)即HSV颜色空间进行非均匀量化，去除冗余信息，提取鉴别特征；采用半监督误差重构分类器实现荧光微球分类。将本文方法与线性鉴别分析分类器(LDA)、随机森林分类(RFC)、稀疏表示分类器(SRC)、K近邻分类器(KNN)、支持向量机(SVM)分类方法进行比较。实验结果显示，针对每类样本随机选取2，4，6，8个有类别标记的样本时，本文方法的总体分类精度比其他算法高3.5%～14.3%，该算法在类别标记样本量较少的情况下，能够有效提高分类精度。