弹光调制傅里叶变换光谱仪(PEM-FTS)的调制光程差是高速、正弦变化的，每秒可产生10万张干涉图。为了实现等时间采样干涉信号的快速、低误差光谱反演，三次样条插值算法、带有相位补偿的离散傅里叶变换(NDFT)算法和加速非均匀快速傅里叶变换算法(NUFFT)分别被应用到PEM-FTS的数据处理系统中。研究发现，对等时间采样弹光调制干涉数据进行光谱反演，加速NUFFT算法数据处理速度比较快，较相位补偿的NDFT算法高一个数量级，是三次样条插值后快速傅里叶变换算法的2倍，且采样点数越多此算法优点越突出；有比较高的精度，其偏差小于0.00054。该算法可以应用于弹光调制傅里叶变换光谱仪中。