为了开发精细可靠且易用的拟南芥(Arabidopsis thaliana)分子标记，通过比较基因组学，分析拟南芥哥伦比亚(Columbia)和兰兹伯格(Landsberg erecta)2个生态型的全基因组序列，从 10 449个不小于 6个碱基的插入 /缺失(INDEL)DNA片段中筛选得到 2 321个新的 INDEL标记。针对每个标记位点，设计一对或多对引物序列(共计 4 764对)。在此基础上选择相对均匀分布在拟南芥 5条染色体的 20个初定位分子标记，它们能够在统一的反应体系和扩增条件下获得稳定的聚合酶链式反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳结果。该研究能够方便研究者找到合适的分子标记，在常规的仪器条件和较低的试验成本下，快速进行突变体基因定位，提高基因图位克隆效率。