作者单位
摘要
吉林大学电子科学与工程学院,吉林 长春 130012
具有刺激响应形变功能的微结构能够通过外界刺激信号获取能量,进而发生机械形变,在自动化技术、微小机器人技术、微流控芯片等领域具有巨大的前沿应用潜力。然而,现有的智能微结构的研制很大程度上依赖于智能材料及其成型技术,不仅受限于为数不多的材料体系,而且局限在单一的刺激响应形变。基于此,提出利用飞秒激光双光子增材制造技术在形状记忆薄膜上加工蛋白质微结构阵列的新方法,实现了微结构阵列尺寸和周期的双重响应形变。微结构阵列在热处理下被机械拉伸定性,实现了结构周期的调控,该过程可在热刺激下恢复;同时,牛血清白蛋白微结构可以在不同pH值的条件下表现为可逆的溶胀和收缩形变。智能材料与形状记忆基底相结合可以赋予微结构阵列更加复杂可控的双重响应形变。本文制备了微结构阵列和微透镜阵列,展示了双重响应下的结构变化和功能调谐,为智能化微结构阵列在微流控系统中的应用作出了有益的探索。
飞秒激光直写 微透镜 蛋白质 微纳加工 
激光与光电子学进展
2024, 61(1): 0114010
作者单位
摘要
1 湖南农业大学植物保护学院, 湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心, 长沙 410082
2 湖南大学生物学院生物信息中心, 长沙 410082
为了探究哺乳动物病毒共受体间的共性特征, 本研究基于ViralReceptor数据库中收集的哺乳动物病毒-受体相互作用关系, 共收集277对病毒共受体组合, 从结构、功能、进化和组织表达等方面对这些病毒共受体进行系统分析, 并与来源于不同哺乳动物的病毒受体组合以及随机挑选的人类蛋白组合进行比较。结果显示, 哺乳动物病毒共受体相较于其他蛋白组合, 彼此间有更高的功能相似性, 在宿主蛋白相互作用网络中相互作用的比例更高, 在人体常见组织中的共表达水平更高。研究表明, 哺乳动物病毒共受体具有功能、表达和互作等共性特征。期望此结果能为病毒受体的发现和鉴定等研究提供参考。
哺乳动物病毒 生物信息学 病毒共受体 病毒受体 人类蛋白组合 mammalian virus bioinformatic virus co-receptor virus receptor human protein combination 
激光生物学报
2023, 32(6): 0537
作者单位
摘要
1 中南大学湘雅医院感染控制中心, 长沙 410083
2 长沙医学院基础医学院, 长沙 410200
3 湖南省重点实验室, 湖南大学生物学院, 长沙 410082
冠状病毒(CoV)属于套式病毒目冠状病毒科, 为有包膜的单股正链RNA病毒, 基因组约27~32 kb。近年来, 冠状病毒对人类的生命健康造成了巨大的威胁, 如2002年出现的严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)以及2012年出现的中东呼吸系统综合征冠状病毒(MERS-CoV), 特别是2019年出现并流行至今的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2), 其在全世界范围内暴发, 严重危害了人类健康和社会秩序, 引发了人们的高度关注。迄今为止, SARS-CoV-2已经演化出了多个变体, 且仍处于不断变异中。目前流行株型以Omicron为主, 同时伴有其他多个变异型。当前我国新冠疫情防控已进入“乙类乙管”常态化防控阶段, SARS-CoV-2依然是未来一段时间内重要的公共卫生问题之一。本综述总结了SARS-CoV-2 Omicron主要株型的关键突变以及其与病毒传染致病、免疫逃逸等特性的关系, 为了解SARS-CoV-2演化传播、流行现状等提供了参考。
S蛋白 变异 感染致病 免疫逃逸 SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 S protein variation infection and disease immune escape 
激光生物学报
2023, 32(6): 0492
作者单位
摘要
1 中南大学湘雅二医院妇产科,长沙 410011
2 湖南师范大学生命科学学院,长沙 410081
为深入分析人 SIRT1基因启动子及蛋白的结构和功能,本文采用生物信息学方法分析人 SIRT1基因 5′端启动子、启动子区 Motif、转录因子结合位点、甲基化 CpG岛、单核苷酸多态性、进化关系、理化性质、二级和三级结构、保守结构域、突变和翻译后修饰位点、互作蛋白及生物学功能。 TSSW和 Neural Network Promoter Prediction数据库预测其区间分别存在 3个、 2个启动子。 MEME数据库预测启动子区存在 3个 Motif。EMBOSS、MethPrimer和 CpG Finder数据库都发现 CpG岛聚集分布于 1 600~ 2 200 bp区。 PROMO和 AliBaba2.1数据库预测其启动子区域共同转录因子为 22个。 JASPAR软件获得 6个与正负链相结合的转录因子。 SNP Function Prediction数据库还发现不同种族等位基因频率存在差异。人 SIRT1基因位于染色体 10q21.3上,广泛分布在不同组织中。人 SIRT1蛋白由 747个氨基酸组成,属于亲水、不稳定的蛋白质,在不同物种间具有较高的保守性。结构域位于第 254~489位氨基酸序列,属于 SIR2超家族,主要分布在细胞核和线粒体中,二级结构主要以 α-螺旋和无规则卷曲为主,相比 AlphaFold2,SWISS-MODEL数据库构建的三级模型更可靠。 SIRT1蛋白共含有突变位点 106个、 N-糖基化位点 1个、磷酸化位点 61个,与 EP300、TP53等多种蛋白相互作用,并且参与昼夜节律过程、类固醇激素反应、细胞内受体信号等,涉及寿命调节通路、 AMPK信号通路、 FoxO信号通路等。本研究为了解 SIRT1对炎症反应等疾病的影响及感染机制提供了参考依据。
人 SIRT1基因 启动子 蛋白 生物信息学 炎症中图分类号 human SIRT1 gene promoter protein bioinformatics inflammation 
激光生物学报
2023, 32(4): 0368
作者单位
摘要
1 福建农林大学,生命科学学院,福州 350002
2 福建农林大学,植物保护学院媒介病毒研究中心,福州 350002
磷酸化是真核细胞中常见的一种翻译后修饰方式,它对生物体内多种代谢活动和细胞信号转导过程起着调控作用。植物病毒蛋白通过磷酸化和去磷酸化修饰调节蛋白质的生物活性,从而影响细胞内的生物信号传递。磷酸化修饰的植物病毒蛋白参与调控病毒的侵染、病毒 RNA的合成、病毒的 RNA沉默以及调控宿主基因的表达。近年来,植物病毒蛋白磷酸化的分子机制得到了广泛和深入的研究。本文总结了植物病毒蛋白磷酸化修饰的位点、磷酸化鉴定方法及其生物学功能,为磷酸化在植物和病毒相互作用中的生物学功能提供了参考。
植物病毒蛋白 磷酸化 蛋白激酶 病毒侵染 翻译后修饰 plant viral proteins phosphorylation protein kinases viral infection posttranslational modification 
激光生物学报
2023, 32(4): 0304
作者单位
摘要
1 南昌大学食品科学与技术国家重点实验室, 江西 南昌 330047 江西福美泰生物技术有限公司, 江西 九江 332100
2 南昌大学食品科学与技术国家重点实验室, 江西 南昌 330047
3 南昌大学食品科学与技术国家重点实验室, 江西 南昌 330047江西师范大学国家淡水鱼加工技术研发专业中心和江西省淡水鱼高值化利用工程技术研究中心, 江西 南昌 330022
4 江西师范大学国家淡水鱼加工技术研发专业中心和江西省淡水鱼高值化利用工程技术研究中心, 江西 南昌 330022
蛋白质和糖是食品的重要组分。 在食品加工、 贮运过程中, 蛋白质分子中的氨基与还原糖的羰基很容易以共价键的形式相结合发生糖基化反应。 美拉德式糖基化反应包括早期、 中期和末期三个阶段。 糖基化反应使得蛋白质分子主链或侧链发生修饰, 改变蛋白质结构、 静电荷和疏水性等, 影响蛋白质主链和侧链基团的化学活性, 进而改变蛋白质的理化功能性质, 如改善乳化性、 起泡性、 凝胶性等功能性质, 提高抗氧化性等营养特性, 降低致敏性, 增强抑菌性和贮藏特性等, 在食品加工、 贮运过程中非常普遍且有着重要意义。 糖基化反应过程中引起的蛋白质结构变化是其营养、 功能特性改变的重要原因。 近年来, 化学测定(自由氨基含量、 表面疏水性测定等)、 光谱(紫外、 荧光、 傅里叶变换红外光谱等)、 色谱(圆二、 分子排阻色谱等)、 质谱[基质辅助激光解吸附离子化-飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)、 液相色谱-电喷雾串联质谱(LC-MS2)等]等多种技术手段被探索用于分析蛋白质糖基化反应过程中的结构变化规律, 在糖基化反应机制研究及糖基化反应程度、 产物营养功能性质调控等方面起了重要作用。 尤其是轨道离子阱质谱(LC-Orbitrap-MS2)、 傅里叶变换离子回旋共振质谱(LC-FTICR-MS2)、 氢氘交换-傅里叶变换离子回旋共振质谱(HDX-FTICR-MS2)等技术的出现和成熟应用让糖基化位点研究更加深入, 可以对各位点的糖分子连接数和糖基化取代程度进行定量分析, 使得揭示蛋白质糖基化反应机制变为可能。 对基于蛋白质糖基化反应程度、 一级、 二级、 三级结构和官能团结构的表征和检测方法进行综述, 旨在为蛋白质糖基化反应的深入研究和在食品加工中的应用提供参考。
食品 蛋白质 糖基化 结构 表征 检测方法 Food Protein Glycation Structure Characterization Detection methods 
光谱学与光谱分析
2023, 43(9): 2667
作者单位
摘要
1 华中科技大学分析测试中心, 湖北 武汉 430074
2 中国计量科学研究院前沿计量科学中心, 北京 100029
3 华中科技大学能源与动力工程学院, 湖北 武汉 430074
圆二色(CD)光谱是一种公认的用于测量蛋白质及其二级结构的生物物理技术, 不但被广泛用于测量蛋白质的二级结构, 而且可以检测二级及更高级结构的变化, 同时用于科学研究和蛋白质产品如生物制药的质量控制。 由于对CD光谱测量中的误差来源定量理解有限, 对光谱进行客观比较仍具有挑战性。 统计方法可用于比较, 但不提供处理系统性以及随机性误差的机制。 在任意两台仪器中进行的CD测量, 即使在可比较的条件下, 相同样品的光谱幅度(elipticity椭圆度, CD scale, 也称圆二色值)或波长也可能存在细微差异。 光源、 最终的光度输出和各个仪器之间入射光偏振的微小差异是导致圆二色值或波长产生差异的可能原因。 分析蛋白质CD光谱取决于原始CD数据的质量, CD解卷积分析强烈依赖于CD光谱中谱峰的圆二色值。 因此, 以一种α-螺旋为主导的蛋白质—细胞色素C为实验对象, 在对CD光谱仪进行校准的前提下, 对其浓度为0.05 mg·mL-1的水溶液进行圆二色光谱测定, 继而建立了0.05 mg·mL-1细胞色素C水溶液的CD光谱测量模型, 评估了其在波长222 nm谱峰圆二色值的不确定度。 圆二色值的不确定度来源主要有测量重复性、 校准溶液及蛋白溶液浓度的不确定度、 比色皿光程长的不确定度等。 经过仪器校准后, 综合考虑这些不确定来源, 得到0.05 mg·mL-1细胞色素C水溶液在波长为222 nm处谱峰的圆二色值及不确定度为(-4.53±0.54) mdeg, k=2。 通过不确定度评估, 发现在不确定分量中较为显着的为1 mm比色皿光程长不确定度和溶液配置过程引入的不确定度分量, 设法消除或降低这些因素的影响, 可以改进测量方法分析测量过程, 以实现CD光谱的客观比较, 提高CD谱图的可比性和可靠性, 为开展圆二色光谱测量的实验室间比对提供实验参考。
蛋白质 圆二色 光谱 二级结构 圆二色值 不确定度评估 细胞色素C 可比性 Protein Circular dichroism Spectroscopy Secondary structure Magnitude Uncertainty estimation Cytochrome C Comparability 
光谱学与光谱分析
2023, 43(10): 3105
作者单位
摘要
1 浙江科技学院生物与化学工程学院, 浙江 杭州 310023 浙江大学生物系统工程与食品科学学院, 浙江 杭州 310058
2 浙江科技学院生物与化学工程学院, 浙江 杭州 310023
3 杭州方回春堂集团有限公司, 浙江 杭州 311500
4 浙江大学生物系统工程与食品科学学院, 浙江 杭州 310058
微藻工厂化养殖为天然碳水化合物、 蛋白质等生产提供了重要途径, 但较高的养殖成本始终是限制微藻大规模商业化发展的瓶颈之一。 由于微藻生长速度很快且其胞内代谢信息时刻都在发生变化, 开发快速无损的微藻生长代谢监测手段用以实时获取微藻生产过程中感兴趣指标变化信息, 可以据此及时调整培养条件, 保障微藻高效优质生产。 关于微藻生长代谢信息快速无损检测的研究多集中在微藻油脂及其特性、 色素等方面, 对于同作为微藻重要营养成分的碳水化合物、 蛋白质等却少有报道。 本研究以斜生四链藻(Tetradesmus obliquus)为研究对象, 利用可见/近红外高光谱成像(HSI)技术结合化学计量学方法, 提出基于HSI的微藻碳水化合物和蛋白质反演判别方法。 对比研究标准化(autosacling)、 标准正态化(SNV)等12种预处理方法对原始高光谱数据的处理效果; 采用竞争自适应重加权采样算法(CARS)、 区间随机蛙跳算法(iRF)和模拟退火算法(SA)进行特征波段选择; 结合多元线性回归(MLR)、 偏最小二乘(PLS)、 支持向量机回归(SVR)以及随机森林回归(RFR)对微藻生物量、 碳水化合物和蛋白质含量进行反演判别。 结果表明, 斜生四链藻生物量预测模型采用矢量归一化(VN)预处理方式结合CARS-MLR算法效果最优, 决定系数(R2p)为 0.967, 剩余预测偏差(RPD)为6.212; 碳水化合物的最优预测模型为原始光谱(raw)结合iRF-RFR算法, R2p和RPD分别为0.995和36.156; 蛋白质判别模型采用WT预处理结合SA-RFR算法构建的效果最佳, R2p和RPD分别为0.909和10.116。 基于优化模型和HSI技术对藻液中各组分的空间分布及丰度进行了可视化展示。 研究结果有望为微藻工厂化养殖过程中生长信息的快速无损获取提供理论参考和技术支撑。
高光谱成像 化学计量学 斜生四链藻 碳水化合物 蛋白质 Hyperspectral imaging Chemometrics methods T. obliquus Carbohydrate Protein 
光谱学与光谱分析
2023, 43(12): 3732
作者单位
摘要
1 天津大学精密仪器与光电子工程学院, 天津 300072
2 天津大学精密仪器与光电子工程学院, 天津 300072 中国食品药品检定研究院化学药品检定所, 北京 102629
3 中国食品药品检定研究院化学药品检定所, 北京 102629
4 天津大学精密仪器与光电子工程学院, 天津 300072 天津大学精密测试技术及仪器国家重点实验室, 天津 300072
二维相关光谱法是将特定形式的微扰作用于样品, 通过测定一系列扰动作用下的动态光谱, 结合数学相关分析, 获取与样品中分子结构及作用力相关的二维相关谱特征。 该方法主要基于分子振动光谱, 将一维光谱扩展到二维空间, 能有效提高光谱分辨率, 从而识别原始光谱中重叠的分子振动变化特征, 为研究分子内及分子间的化学键变化提供依据, 在生物医学、 药学、 食品科学、 环境科学以及高分子材料等领域应用广泛。 自1986年Noda提出广义二维相关算法以来, 二维相关光谱衍生出了投影二维相关、 串联二维相关、 基于模型的二维相关、 异质谱二维相关、 移动窗口二维相关等算法。 随着近年来生物技术的迅速发展, 多肽、 蛋白质、 酶等蛋白类物质由于参与人体重要生理化学反应过程, 对其结构(尤其是高级构象)的分析是研究蛋白类物质质量及疗效的关键。 二维相关光谱方法为生物医药中蛋白类物质结构研究提供了快速、 无损的定性定量分析方法, 可分析蛋白质类物质高级结构中的细微变化, 为生物大分子药物机制机理研究提供有力的支撑。 综述了二维相关光谱技术的基本原理、 谱图解析方法和技术进展, 以及其在蛋白类物质分析中的应用方向和前景, 为相关领域研究人员应用二维相关光谱法开展蛋白类物质的结构和分子间相互作用等研究提供参考。
二维相关光谱法 蛋白类物质高级构象 生物大分子药物 红外光谱法 拉曼光谱法 近红外光谱法 Two-dimensional correlation spectroscopy Advanced structures of protein substances Biological macromolecule drugs Infrared spectroscopy Raman spectroscopy Near-infrared spectroscopy 
光谱学与光谱分析
2023, 43(7): 1993
作者单位
摘要
南华大学公共卫生学院, 湖南 衡阳 421001
炭疽杆菌是高致病性病原微生物, 引起的炭疽病在我国属于乙类传染病, 因此建立操作简便、 灵敏准确的炭疽杆菌检测方法对预防和控制炭疽传播, 维护公共卫生安全至关重要。 该研究创新性地提出以绿色材料大豆蛋白为保护剂和还原剂, 采用微波加热法合成了一种具有强烈红色荧光发射的大豆蛋白金纳米簇(SPI-AuNCs)。 采用TEM、 UV-Vis、 FL、 XPS、 FTIR等方法表征了SPI-AuNCs的成功合成和部分特殊性能。 结果表明SPI-AuNCs呈球形, 粒径大小在1.8~3.2 nm范围内, 平均粒径为2.65 nm, 在500~550 nm范围内未出现表面等离子体共振峰; SPI-AuNCs的最大激发波长为370 nm, 最大发射波长为680 nm。 SPI-AuNCs的表面官能团主要有—NH、 —COOH、 —OH、 —SH等官能团, 元素的组成主要包括C、 N、 O、 S、 Au元素。 根据Cu2+与SPI-AuNCs表面基团通过配位作用形成非荧光复合物, 使荧光猝灭; 而2,6-吡啶二羧酸(DPA)与Cu2+具有更高的亲和力, 可将Cu2+从SPI-AuNCs表面竞争下来, 使荧光恢复, 据此建立了一种荧光“关-开”策略检测DPA的新方法。 在最佳实验条件下, 荧光恢复率(ΔF/F1)与DPA的浓度在1.15~70.0 μmol·L-1范围内呈良好的线性关系, 线性方程为ΔF/F1=0.011c+0.131, 相关系数r=0.991, 方法检出限为0.34 μmol·L-1。 同时, 通过加标回收实验研究了湖水和牛奶样品中DPA, 得到加标回收率在97.3%~103.6%, 表明了该方法在环境和食品样本DPA的检测中具有很大的应用潜力, 可以为环境监测和食品安全提供方法学支持。
大豆蛋白金纳米簇 2,6-吡啶二羧酸 生物标志物 炭疽杆菌 荧光探针 Soy protein gold nanoclusters 2,6-pyridinedicarboxylic acid Biomarkers Bacillus anthrax Fluorescence probe 
光谱学与光谱分析
2023, 43(6): 1815

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