波发生器安装误差是柔轮变形测量中较为常见的误差来源之一，安装误差的存在使得柔轮变形与转动角度之间的函数关系产生较大偏差。为解决波发生器中心与回转中心的安装误差问题，本文对柔轮测量误差进行分析，并提出柔轮径向变形误差补偿方法。首先，基于坐标变化原理建立了偏心误差表征数学模型，获得安装偏心量、波发生器实际结构参数；其次，基于波发生器偏心径向变形函数构建了柔轮径向变形误差修正模型，对安装偏心工况下柔轮实际径向变形函数进行修正补偿。实验结果表明：在安装误差影响下柔轮变形函数峰谷偏差达0.134 mm，与理论相差较大；通过本文方法进行修正补偿后，误差在0.012 mm左右，且柔轮径向变形结果与理论变化趋势基本一致。该方法能够有效提高柔轮径向变形测量精度，为优化谐波减速器的齿廓参数奠定实验与理论基础。