光学学报, 2020, 40 (24): 2410001, 网络出版: 2020-11-23   

基于深度学习的细胞骨架图像超分辨重建 下载: 1531次

Super-Resolution Reconstruction of Cytoskeleton Image Based on Deep Learning
作者单位
1 弱光非线性光子学教育部重点实验室, 南开大学物理科学学院, 泰达应用物理研究院, 天津 300071
2 天津大学精密仪器与光电子工程学院, 光电信息技术教育部重点实验室, 天津 300072
3 药物化学生物学国家重点实验室, 南开大学生命科学学院, 天津 300071
4 极端光学协同创新中心, 山西大学, 山西 太原 030006
图 & 表

图 1. EDSR的结构。Conv表示卷积层,ResBlock表示残差模块,ReLU表示线性整流激活函数,Upsample表示上采样,Shuffle表示周期筛选

Fig. 1. Structural diagram of EDSR. Conv represents convolution layer, ResBlock represents residual module, ReLU represents linear rectification activation function, Upsample represents upsampling, and Shuffle represents cycle screening

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图 2. 基于深度学习的图像超分辨重建训练过程

Fig. 2. Schematic of training process for deep-learning based image super-resolution reconstruction

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图 3. 二倍降采样条件下损失函数的值与EDSR训练轮数的关系

Fig. 3. Relationship between loss function and training epoch of EDSR in the case of double down-sampling

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图 4. 基于EDSR深度学习对二倍降采样细胞微管骨架实验图的超分辨重建。(a)细胞骨架图像;(b)放大图

Fig. 4. Super-resolution reconstruction of cell microtubule cytoskeleton images obtained by double down-sampling based on EDSR deep learning. (a) Images of cytoskeletons; (b) enlarged views

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图 5. 基于EDSR深度学习对三、四倍降采样STORM图像的超分辨重建。(a)三倍降采样图重建图;(b)四倍降采样图重建图

Fig. 5. Super-resolution reconstruction of three and four times down-sampling STORM images based on EDSR deep learning. (a) Reconstruction of three times down-sampling images; (b) reconstruction of four times down-sampling images

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表 1二倍降采样条件下各图的平均梯度值

Table1. Average gradient values of different images in the case of double down-sampling

RegionDown-samplingInterpolation methodEDSROriginal
120.1817.7527.5326.99
218.3616.4525.9026.66
321.2918.6730.3931.23

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表 2三倍和四倍降采样条件下各图的平均梯度值

Table2. Average gradient values of different images in the case of three and four times down-sampling

ConditionDown-samplingInterpolationEDSROriginal
Region 111.6910.0420.0318.47
Three times down-samplingRegion 220.4718.0532.4431.26
Region 318.0114.8828.8527.40
Region 114.2411.7430.6035.59
Four times down-samplingRegion 219.1015.2536.9738.64
Region 315.2413.3028.4033.25

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胡芬, 林洋, 侯梦迪, 胡浩丰, 潘雷霆, 刘铁根, 许京军. 基于深度学习的细胞骨架图像超分辨重建[J]. 光学学报, 2020, 40(24): 2410001. Fen Hu, Yang Lin, Mengdi Hou, Haofeng Hu, Leiting Pan, Tiegen Liu, Jingjun Xu. Super-Resolution Reconstruction of Cytoskeleton Image Based on Deep Learning[J]. Acta Optica Sinica, 2020, 40(24): 2410001.

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