作者单位
摘要
1 贵州中医药大学药学院贵阳 550025
2 贵州中医药大学基础医学院贵阳550025
肝血管瘤是常见的良性肿瘤之一, 临床上常采用柴胡疏肝散进行治疗, 但其具体的作用机制仍是未知的。本研究利用网络药理学和分子对接方法, 通过成分-靶点网络图分析得出关键靶点和成分信息, 对关键靶点和成分进行分子对接, 获得相应分子对接图谱, 并探讨其作用机制。结果显示, 共获得柴胡疏肝散活性成分142个, 相对应靶点269个, 肝血管瘤疾病靶点351个, 两者共同交集靶点61个。基因本体(GO)功能富集有184条生物学过程, 主要涉及转录因子活性、DNA结合及转录的正向调控。京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析筛选得到138条信号通路, 主要涉及PI3K-Akt、乙型肝炎、MAPK、AGE-RAGE等信号通路。分子对接结果显示, AKT1蛋白与活性成分β-谷甾醇结合稳定, VEGFA蛋白与活性成分槲皮素和异鼠李素均结合稳定, ESR1和MAPK3分别与β-谷甾醇和柚皮素结合稳定。柴胡疏肝散可能是通过槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、山柰酚和柚皮素等活性成分作用于STAT3、AKT1、VEGFA、ESR1、MAPK3等靶点的, 通过诱导血管新生、保护血管和肝细胞的活化等发挥治疗肝血管瘤的作用, 这为临床上应用柴胡疏肝散治疗肝血管瘤提供了理论研究依据。
柴胡疏肝散 肝血管瘤 网络药理学 分子对接 信号通路 words: Chaihu Shugan Powder hepatic hemangioma network pharmacology molecular docking signal pathway 
激光生物学报
2023, 32(2): 0184
作者单位
摘要
1 山东中医药大学, 济南 250014
2 山东中医药大学第一附属医院, 济南 250014
通过网络药理学与分子对接的方法研究防己黄芪汤治疗小儿肾病综合征(NS)的作用机制。系统检索TCMSP平台获取防己黄芪汤的有效活性成分78个、作用靶点206个, 并依据Uniprot已载入的基因名称规范靶点的名称。通过检索OMIM、DisGenet数据库获取小儿肾病综合征的作用靶点, 对收集到的疾病靶点进行去重整理并通过Uniprot数据库进行规范后, 共收集到疾病靶点1 754个。通过韦恩在线平台绘制韦恩图, 获取药物和疾病的共同靶点48个。通过Cytoscape软件绘制防己黄芪汤活性成分-药物-疾病共同作用靶蛋白网络, 依据自由度值选取关键活性成分槲皮素、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇、山奈酚、美迪紫檀素、4′, -甲氧基光甘草定。将药物疾病共有靶点导入String平台, 获取蛋白互作网络, 并通过Cytoscape软件对蛋白互作网络进行拓扑分析和网络子模块分析, 得到核心靶点AKT1、MYC、TP53。通过Metascape平台对公共作用靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析, 发现主要涉及到的生物过程有循环系统、细胞应激、生长调节、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节、白细胞分化等, 与小儿肾病综合征有关的通路主要有MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路。通过AUTODOCK软件对关键靶点和关键成分进行分子对接, 结果均小于-5.0?kcal/mol。经过分析发现, 防己黄芪汤对于小儿NS的治疗主要依赖于MAPK和PI3K-Akt两条信号通路, 并且通过槲皮素、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇、山奈酚、美迪紫檀素、4′, -甲氧基光甘草定等活性成分作用于MYC、AKT1靶蛋白, 同时需要循环系统、细胞应激、生长调节、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节、白细胞分化等多种生物过程的参与来实现多成分、多靶点、多层次、多途径复杂的综合调控。该研究为防己黄芪汤进一步的研究和临床应用提供了参考依据。
防己黄芪汤 小儿肾病综合征 网络药理学 分子对接 作用机制 Fangji Huangqi Decoction pediatric nephrotic syndrome network pharmacology molecular docking mechanism 
激光生物学报
2021, 30(6): 565
作者单位
摘要
广州中医药大学, 广州 510405
基于网络药理学探求当归四逆汤作用于腰椎间盘突出症的作用机理。系统检索中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中药潜在靶点数据库(TCM-PTD)获取当归四逆汤药物的有效活性成分45个, 作用靶点132个, 并将得到的靶点与通用蛋白数据库(Uniprot)中载入的基因名称简称进行匹配。通过检索人类基因数据库(GeneCards)和孟德尔疾病基因数据库(OMIM)来获取腰椎间盘突出症的作用靶点, 汇入表格并去除重复靶点之后, 共得到有效靶点379个。使用 ClusterProfiler R编程软件绘制Venn图, 获取药物和疾病共同作用的靶点25个。利用Cytoscape Version 3.6.1软件, 构建当归四逆汤活性成分-药物疾病共同作用靶蛋白网络。将药物疾病共同作用靶点导入功能性蛋白关联网络平台(STRING), 获取蛋白互作网络, 并使用Cytoscape Version 3.6.1软件对蛋白互作网络图进行拓扑分析和注释分析, 得到核心靶点AKT1、PTGS2、MAPK1、STAT3、MAPK8、JUN、CASP3、MAPK14等。使用ClusterProfiler R 软件对疾病药物公共作用靶点进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集分析, 并用Cytoscape Version 3.6.1绘制靶点-通路网络图, 得到当归四逆汤的有效活性成分paeoniflorin、beta-sitosterol、kaempferol、(+)-catechin、stigmasterol、formononetin、licochalcone a、sesamin以及关键作用靶点IL6、AKT1、PTGS2、MAPK1、STAT3、MAPK8、JUN、CASP3、MAPK14、IL10等, 并发现关键作用靶点主要通过丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)活性、蛋白质丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、血红素结合、磷酸酶结合、氧化还原酶活性、FMN结合、内肽酶活性、激素结合等功能, 涉及 HIF-1、FoxO、NF-κB、MAPK、p35等信号通路治疗腰椎间盘突出症。该文揭示了当归四逆汤从多成分、多靶点、多通路的角度治疗腰椎间盘突出症的作用机制, 为新药开发及临床应用提供了依据与新的思路。
当归四逆汤 腰椎间盘突出症 网络药理学 靶点 分子对接 Danggui Sini Decoction lumbar disc herniation network pharmacology target molecular docking 
激光生物学报
2021, 30(3): 236
何询 1,*周熙 2
作者单位
摘要
1 深圳未名新鹏生物医药有限公司,深圳 518057
2 湖南师范大学生命科学学院动物多肽药物创制国家地方联合工程实验室,长沙 410081
电压门控钠通道 NaV1.9特异性表达于外周伤害感受器,在神经电信号产生和传导的过程中扮演着重要角色。动物模型和临床遗传学研究表明,其在炎性疼痛、神经性疼痛和冷痛中具有重要作用,是一个潜在的镇痛药物研发靶点。本文从 NaV1.9的表达定位、生理学特性、疼痛动物模型研究、临床相关疼痛疾病研究和药理学研究这几个方面对 NaV1.9与疼痛关系进行综述,探讨靶向镇痛药物开发,为深入研究 Nav1.9在疼痛中的重要角色提供参考。
钠通道 疼痛 镇痛药物 药理学 sodium channel NaV1.9 NaV1.9 pain analgesics pharmacology 
激光生物学报
2020, 29(6): 496

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