玉米根系在生长过程中向根际分泌蛋白质类大分子物质。 采用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳-质谱技术, 一维液相色谱-质谱联用(LC/MS)和Shotgun三种不同鉴定方法对无菌条件收集的玉米根系分泌蛋白进行了分离、 分析与鉴定, 对3种鉴定方法在分泌蛋白分析中的应用做了详细阐述和比较。 结果表明, 双向电泳通过银染可以看到200个蛋白质点, 但由于蛋白量少, 通过质谱无法对玉米根系分泌蛋白进行鉴定； 用LC/MS鉴定得到了152个蛋白； 用Shotgun技术鉴定得到了2 848个蛋白。 LC/MS鉴定得到的蛋白全部出现在用Shotgun技术鉴定得到的2 848个蛋白中, 后2种方法的结果可以互相验证。 Shotgun技术具有更高的灵敏性, 更适合对蛋白质浓度低、 干扰物多的植物根分泌蛋白组进行鉴定, 能够获得完整可靠的信息。

PMF方法由于具有高灵敏度、高通量和容易自动化等优点,在蛋白质组学鉴定中占有重要的地位.然而,许多样品(比如:小分子蛋白,混合物等)仅仅通过PMF方法不能明确鉴定.在这种情况下,在测定PMF的同一个样品上,选择一个酶解片段峰进行PSD测序,并把这些序列信息输入MS-Tag软件进行搜索,结合PMF方法,表观分子量等电点等参数,能够对胶上的点进行明确的鉴定.本文先用PSD方法对胶上的三个标准蛋白进行鉴定,都得到了非常准确的结果,同时鉴定了胶上的几个未知点.