研究水稻-油菜双序列复种免耕、翻耕稻田土壤真菌的多样性。采用MiSeq 高通量测序方法, 对湖南安乡(AX)、农大(ND)、南县(NX)3个相同处理试验点免耕、翻耕土壤样品进行ITS 区高通量测序、多样性比较分析、物种组成分析及样品聚类分析。结果表明6个样品共得到真菌优化序列221 105条, 分属于1 356个OTU, 真菌种类覆盖7门、121科、230属; 指数分析表明NT样品菌群相对丰度及群落多样性均略高于CT样品; 在门水平上各试验点菌群结构相似, 前三位为子囊菌门、接合菌门和担子菌门, 但是同一试验点NT样品子囊菌相对丰度均低于CT样品, 接合菌和担子菌相对丰度均高于CT样品。科属水平比较表明, 3个试验点NT样品被孢霉科相对丰度比CT样品的大3-5倍, 毛壳菌科的相对丰度小1-2倍; NT样品Carpoligna、栓菌属(Trametes)、网孢菌属 (Filobasidium)、被孢霉属(Mortierella)的序列数明显大于CT样品, 毛壳属(Chaetomium)、柄孢壳菌属(Podospora)及瓜亡革菌属(Thanatephorus)的序列数明显小于CT样品。土壤理化因子测定表明NT样品的有机质、全氮及速效钾含量均高于CT样品。本研究得出水稻-油菜双序列复种免耕、翻耕稻田土壤样品真菌物种组成丰富, 不同耕作方式土壤真菌种群结构存在差异, 菌群组成及丰度对土壤理化因子有一定影响。