植物根际微生物与植物生长密切相关，但根际微生物群落如何影响根系的发育情况仍研究甚少。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术检测了烟草的根际细菌群落，并探究了烟草根系不同发育情况与根际微生物群落差异的关联机制。结果表明: 相比不发达根系(UDR)，发达根系(WDR)的根际细菌物种的丰度和多样性均较高，Gallionella和Luteimona等属的丰度显著增加，而Edaphobaculum、PLTA13和Rhodobacter等属的丰度则显著降低(P<0.05); UDR的分子生态网络更加复杂，且物种间相互作用强，特别是合作行为，而WDR的网络关键节点数较多，其碳循环相关网络模块数与UDR相比增加; 此外，WDR的根际细菌群落装配更趋向于发育聚集，且环境过滤在其中发挥了更重要的作用。总体上，本研究结果强调了根际微生物群落的结构组成、网络变化和群落装配在植物根系的生长过程中的重要作用，为植物根际微生物生态学研究提供了理论依据。

为研究腐败变质鸡蛋内容物细菌群落, 本研究以蛋白液化(J)、发臭(JC)的鸡蛋为样品, 鸡蛋内容物细菌基因组DNA为模板进行16S rDNA(V4+V5)区域Miseq测序、多样性指数分析及物种组成分析。结果表明, J样品和JC样品分别得到了42 550条和38 477条高质量序列, 可归为19个操作分类单元(OTU), 分属于2门、14科、19属、23种; 多样性指数分析表明J样品的细菌丰度小于JC样品, 而群落多样性高于JC样品。两样品的优势菌群均为变形菌门(Proteobacteria)肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)和莫拉菌科(Moraxellaceae)不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)假单胞菌属(Pseudomonas)细菌以及厚壁菌门(Firmicutes)芽孢杆菌科(Bacillaceae)芽孢杆菌属(Bacillus)和肉杆菌科(Carnobacteriaceae)肉杆菌属(Carnobacterium)的细菌; 其中, J样品中芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度最大(40.10%), 但在种水平上未分类; 而JC样品中主要是柠檬酸杆菌属(Citrobacter)相对丰度最大(81.23%), 多为吉伦氏柠檬酸杆菌(Citrobacter gillenii)、埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)和肠球菌属(Enterococcus)等序列极少, 丰度很低; 在种水平上23个种中, 有14个种为未分类或未培养, 同一个种分属于不同OTU。本研究得出, 腐败变质鸡蛋内容物细菌种群复杂, 其菌群组成及丰度能对鸡蛋腐败变质造成影响, 为进一步研究鸡蛋主要腐败菌及其控制提供了参考。

浮游藻类群落结构是评价海洋生态环境状况的重要指标之一, 现有的研究主要基于现场采样实验室分析, 缺少快速在线自动、 原位剖面以及遥感地面验证技术装备。针对浮游藻类群落结构快速获取与遥感数据地面验证需求, 研究了基于离散三维荧 光光谱法的海洋藻类群落结构现场快速测量方法, 研发了海洋藻类群落结构原位在线测量技术仪器, 并开展了应用示范 与对比验证。结果表明, 基于离散三维荧光光谱法的海洋藻类群落结构测量技术能够快速准确地获取藻类群落结构及叶 绿素含量, 与现有技术相比, 具有测量快速、准确、稳定可靠等优势, 为海洋生态环境监测数据获取及遥感数据地面 验证提供了先进技术手段。

研究水稻-油菜双序列复种免耕、翻耕稻田土壤真菌的多样性。采用MiSeq 高通量测序方法, 对湖南安乡(AX)、农大(ND)、南县(NX)3个相同处理试验点免耕、翻耕土壤样品进行ITS 区高通量测序、多样性比较分析、物种组成分析及样品聚类分析。结果表明6个样品共得到真菌优化序列221 105条, 分属于1 356个OTU, 真菌种类覆盖7门、121科、230属; 指数分析表明NT样品菌群相对丰度及群落多样性均略高于CT样品; 在门水平上各试验点菌群结构相似, 前三位为子囊菌门、接合菌门和担子菌门, 但是同一试验点NT样品子囊菌相对丰度均低于CT样品, 接合菌和担子菌相对丰度均高于CT样品。科属水平比较表明, 3个试验点NT样品被孢霉科相对丰度比CT样品的大3-5倍, 毛壳菌科的相对丰度小1-2倍; NT样品Carpoligna、栓菌属(Trametes)、网孢菌属 (Filobasidium)、被孢霉属(Mortierella)的序列数明显大于CT样品, 毛壳属(Chaetomium)、柄孢壳菌属(Podospora)及瓜亡革菌属(Thanatephorus)的序列数明显小于CT样品。土壤理化因子测定表明NT样品的有机质、全氮及速效钾含量均高于CT样品。本研究得出水稻-油菜双序列复种免耕、翻耕稻田土壤样品真菌物种组成丰富, 不同耕作方式土壤真菌种群结构存在差异, 菌群组成及丰度对土壤理化因子有一定影响。

为分析不同饲料喂养对黄牛胃中微生物群落结构的影响, 分别用芒草单一喂养和农家混合饲料喂养两年的黄牛为实验组和对照组。以瘤胃、蜂巢胃、重瓣胃和皱胃四个胃中的微生物为研究对象,采用原位包埋裂解法和脉冲场电泳（pulsed field gel electrophoresis, PFGE）提取微生物总DNA, 脉冲场电泳（pulsed field gel electrophoresis, PFGE）。使用细菌16S rRNA引物341F/534R及真菌18S rDNA引物NS1/GCFungi进行降落PCR扩增。变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）对扩增产物进行区分,使用硝酸银染色。电泳扫描结果通过Quantity one软件进行分析, SPSS软件进行数据统计。针对实验组和对照组瘤胃样品共性条带和特性条带测序并比对。结果表明: 实验组与对照组细菌群落结构变化较大, UPGAM聚类图上被分为两支, 相似性只有0.35。且香农多样性指数及条带丰度都明显少于对照组。真菌DGGE图谱条带差别不大, 聚类图上显示实验组四个样品与对照组四个样品相似性在0.43～0.68之间。多样性及条带丰度在实验组与对照组之间差异0.0027～0.5999。测序结果, 细菌与数据库中未培养细菌种类较为接近, 而真菌中部分与已知菌种接近。芒草单一饲养对牛胃中的微生物群落结构具有极大的影响, 对细菌的影响尤为明显。